本實用新型的目的在于提供一種基于雙向時間比對的水下時間同步系統(tǒng)，通過在水下設置兩個時間同步單元，將時鐘信號調(diào)制為激光信號后在兩個時間同步單元之間進行交互傳輸，進而實現(xiàn)雙向時鐘信號的獲取，并通過計算兩個時間同步單元之間的時鐘信號之間的時間間隔以實現(xiàn)時延調(diào)節(jié)。利用雙向解碼出來的時間信號計算得到兩個時間同步單元之間的時延，進而調(diào)整兩個時間同步單元的時延，實現(xiàn)兩個時間同步單元水下高精度的時間同步。